This function takes in a FSL header and parses the components
fslhd.parse(hd)(character) header from fslhd
data.frame of information from FSL header
if (have.fsl()){
mnifile = mni_fname("2")
hd = fslhd(mnifile)
fslhd.parse(hd)
}
#> fslhd "/usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz"
#> value
#> filename /usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz
#> sizeof_hdr 348
#> data_type INT16
#> dim0 3
#> dim1 91
#> dim2 109
#> dim3 91
#> dim4 1
#> dim5 1
#> dim6 1
#> dim7 1
#> vox_units mm
#> time_units s
#> datatype 4
#> nbyper 2
#> bitpix 16
#> pixdim0 -1.000000
#> pixdim1 2.000000
#> pixdim2 2.000000
#> pixdim3 2.000000
#> pixdim4 1.000000
#> pixdim5 0.000000
#> pixdim6 0.000000
#> pixdim7 0.000000
#> vox_offset 352
#> cal_max 8000.000000
#> cal_min 3000.000000
#> scl_slope 1.000000
#> scl_inter 0.000000
#> phase_dim 0
#> freq_dim 0
#> slice_dim 0
#> slice_name Unknown
#> slice_code 0
#> slice_start 0
#> slice_end 0
#> slice_duration 0.000000
#> toffset 0.000000
#> intent Unknown
#> intent_code 0
#> intent_name <NA>
#> intent_p1 0.000000
#> intent_p2 0.000000
#> intent_p3 0.000000
#> qform_name MNI_152
#> qform_code 4
#> qto_xyz:1 -2.000000 0.000000 -0.000000 90.000000
#> qto_xyz:2 0.000000 2.000000 -0.000000 -126.000000
#> qto_xyz:3 0.000000 0.000000 2.000000 -72.000000
#> qto_xyz:4 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000
#> qform_xorient Right-to-Left
#> qform_yorient Posterior-to-Anterior
#> qform_zorient Inferior-to-Superior
#> sform_name MNI_152
#> sform_code 4
#> sto_xyz:1 -2.000000 0.000000 0.000000 90.000000
#> sto_xyz:2 0.000000 2.000000 0.000000 -126.000000
#> sto_xyz:3 0.000000 0.000000 2.000000 -72.000000
#> sto_xyz:4 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000
#> sform_xorient Right-to-Left
#> sform_yorient Posterior-to-Anterior
#> sform_zorient Inferior-to-Superior
#> file_type NIFTI-1+
#> file_code 1
#> descrip FSL5.0
#> aux_file <NA>